Es el órgano a cargo de la actividad independiente y objetiva de aseguramiento y asesoría, concebida para agregar valor y mejorar las operaciones de la Secretaría de Coordinación General de Gobierno. El funcionamiento de la Auditoría Interna se regirá por lo dispuesto en la Ley Orgánica del Tribunal Superior de Cuentas, el Marco Rector de las Unidades de Auditoría Interna del Sector Público, así como todas aquellas normas que en el ejercicio de sus atribuciones dicte el Tribunal Superior de Cuentas.